C 14 июня барнаульские динамовцы вышли из отпуска и приступили к подготовке к Первенству и Кубку России 2016-2017 годов. Команда под руководством нового главного тренера Сергея Шишкина тренируется в одноразовом режиме, чередуя занятия на искуственном газоне спорткомплекса СДЮШОР «Динамо» и естественном поле учебно-тренировочной базы «Динамо».
К работе с основной командой подключена часть футболистов молодежной команды, а так же воспитанники барнаульского футбола, находящиеся на просмотре: Александр Грушин, Владимир Завьялов, Иван Коренюгин, Алексей Майер, Владислав Хмелевский, Владислав Троценко, Александр Кочетков, Никита Шибаев, Алексей Тарасов.